A155 MOLECULAR LANDSCAPE OF ULCERATIVE COLITIS AND CROHN’S DISEASE IS CONSERVED
Notice bibliographique
Résumé
While disease-specific differences between IBD phenotypes are important, it is also of interest to see the conserved elements that reflect the response to injury shared by the phenotypes. To map the elements conserved between Ulcerative Colitis (UC) and ileal Crohn’s Disease (CD) we used microarrays to study the molecular landscape of 63 UC biopsies compared to 16 control colon biopsies, and 37 ileal CD biopsies compared to 7 control ileal biopsies. These comparisons were expressed as “molecular landscapes” using volcano plots of molecular association strength via p-value (x-axis) versus fold change (y-axis). The landscape of UC (Fig 1) was compared to that of ileal CD (Fig 2) for all 13709 interquartile-range filtered probe sets. We labeled transcripts of interest, including TNFalpha, calprotectin (S100A8 and S100A9), TNFalpha-inducible transcripts, inflammasome associated transcripts, IFNG-inducible transcripts, transcripts representing the response to injury (increased in UC and CD), and transcripts decreased in injured tissue (conserved epithelial genes associated with parenchymal function and metabolism). There was striking conservation between the molecular landscape of the two disease processes. In both UC and CD, TNF-alpha was interestingly only mildly increased in UC (Fold change= 1.2, P=NS) and CD (Fold change=2.4, P=0.02) compared to controls; however calprotectin (S100A8 and S100A9) was strongly induced in both UC (P=0.0006) and ileal CD (P=0.0001) but the fold change increase in CD was higher than that induced in UC (14x vs 4x). TNFalpha-inducible and inflammasome-associated transcripts were highly conserved across both UC and ileal CD. As expected, expression of inflammasome transcript NOD2 was only associated with CD (Fold change=2.7, P=0.003), but not in UC (P=NS). Epithelial transcripts were variably downregulated in both diseases, indicating the stereotyped dedifferentiation of the parenchyma. Analyses of specific differences between UC and ileal CD and of the most significantly up- and downregulated signals are currently being undertaken. We conclude that although one might expect UC and ileal CD would have different inflammatory profiles as they present with markedly different phenotypes and in different epithelia, the large-scale molecular changes are strikingly conserved. Calprotectin expression was high in UC and CD in keeping with its current use a fecal biomarker in both diseases. None
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».