Development and Application of Novel Indel Markers in Flax (Linum Usitatissimum L.) Through Whole-genome Re-sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Flax is an important oil and fibre crop grown in Northern Europe, Canada, India, and China. The development of molecular markers has accelerated the process of flax molecular breeding and has improved yield and quality. Presently, simple sequence repeat (SSR) and single nucleotide polymorphism (SNP) markers in the whole genome have been developed for flax. However, the development of flax insertion/deletion (InDel) markers has not been reported. A total of 17,110 InDel markers were identified by comparing whole-genome re-sequencing data of two accessions (87-3 and 84-3) with the flax reference genome. The length of InDels ranged from 1–277 bp, with 1–15 bp accounting for the highest rate (95.55%). The most common InDels were in the form of single nucleotide (8840), dinucleotide (3700), and trinucleotide (1349), and chromosome 2 (1505) showed the highest number of InDels among flax chromosomes, while chromosome 10 (913) presented with the lowest number. From 17,110 InDel markers, 90 primers that were evenly distributed in the flax genome were selected. Thirty-two pairs of polymorphic primers were detected in two flax accessions, and the polymorphism rate was 40.70%. Furthermore, genetic diversity analysis, population structure and principal component analyse (PCA) divided 69 flax accessions into two categories, namely oilseed flax and fibre flax using 32 pairs of polymorphic primers. Additionally, correlation analysis showed that InDel-26 and InDel-81 were associated with oil content traits, and two candidate genes (lus10031535 and lus10025284) tightly linked to InDel-26 or InDel-81, might be involved in flax lipid biosynthesis and lipid metabolism. This study is the first to develop InDel markers based on re-sequencing in flax and clustered the markers into two well-separated groups for oil and fibre. The results demonstrated that InDel markers developed herein could be used for flax germplasm identification, genetic diversity analysis, and molecular marker-assisted breeding.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».