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Enregistrement W4248795227 · doi:10.31234/osf.io/wu7mh

The ENIGMA Stroke Recovery Working Group: Big data neuroimaging to study brain-behavior relationships after stroke

2020· preprint· en· W4248795227 sur OpenAlexafffund
Sook‐Lei Liew, Artemis Zavaliangos‐Petropulu, Neda Jahanshad, Catherine Lang, Kathryn S. Hayward, Keith R. Lohse, Julia M. Juliano, Francesca Assogna, Lee A. Baugh, Anup Bhattacharya, Bavrina Bigjahan, Michael R. Borich, Lara A. Boyd, Amy Brodtmann, Cathrin M. Buetefisch, Winston D. Byblow, Jessica M. Cassidy, Adriana Bastos Conforto, R. Cameron Craddock, Michael A. Dimyan, Adrienne N. Dula, Elsa Ermer, Mark R. Etherton, Kelene A. Fercho, Chris M. Gregory, Sharam Hadidchi, Jess A. Holguin, Darryl Hwang, Simon Jung, Steven A. Kautz, Mohamed Salah Khlif, Nima Khoshab, Bokkyu Kim, Hosung Kim, Amy Kuceyeski, Martín Lotze, Bradley J. MacIntosh, John L. Margetis, Feroze B. Mohamed, Fabrizio Piras, Ander Ramos‐Murguialday, Geneviève Richard, Pamela Roberts, Andrew Robertson, Jane Maryam Rondina, Natalia S. Rost, Nerses Sanossian, Nicolas Schweighofer, Mark S. Shiroishi, Surjo R. Soekadar, Gianfranco Spalletta, Cathy M. Stinear, Anisha Suri, Wai Kwong Tang, Gregory Thielman, Daniela Vecchio, Arno Villringer, Nick Ward, Emilio Werden, Lars T. Westlye, Carolee J. Winstein, George F. Wittenberg, Kristin A. Wong, Chunshui Yu, Steven C. Cramer, Paul M. Thompson

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAcute Ischemic Stroke Management
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Key Research and Development Program of ChinaHealth Research Council of New ZealandNational Institutes of HealthEinstein Stiftung BerlinMinistero della SaluteMax-Planck-GesellschaftDeutsche ForschungsgemeinschaftBundesministerium für Bildung und ForschungHelse Sør-Øst RHFMedical Research CouncilBiogenBrightFocus FoundationNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionNational Health and Medical Research CouncilNorges ForskningsrådLeon Levy FoundationEberhard Karls Universität TübingenEuropean CommissionCanadian Institutes of Health ResearchAmerican Heart Association
Mots-clésNeuroimagingStroke (engine)NeuroinformaticsHarmonizationData collectionDemographicsBig dataStroke recoveryMedicineData sciencePhysical medicine and rehabilitationPsychologyComputer scienceNeurosciencePhysical therapyData miningEngineeringRehabilitationStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The goal of the Enhancing Neuroimaging Genetics through Meta-Analysis (ENIGMA) Stroke Recovery working group is to understand brain and behavior relationships using well-powered meta- and mega-analytic approaches. ENIGMA Stroke Recovery has data from over 1,800 stroke patients collected across 32 research sites and 10 countries around the world, comprising the largest multi-site retrospective stroke data collaboration to date. This paper outlines the efforts taken by the ENIGMA Stroke Recovery working group to develop neuroinformatics protocols and methods to manage multi-site stroke brain magnetic resonance imaging (MRI), behavioral and demographics data. Specifically, the processes for scalable data intake and pre-processing, multi-site data harmonization, and large-scale stroke lesion analysis are described, and challenges unique to this type of big data collaboration in stroke research are discussed. Finally, future directions and limitations, as well as recommendations for improved data harmonization through prospective data collection and data management, are provided.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,163
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,308
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,163
Score d'incertitude au seuil0,862

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1630,308
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,006
Bibliométrie0,0080,011
Études des sciences et des technologies0,0030,002
Communication savante0,0100,006
Science ouverte0,0050,015
Intégrité de la recherche0,0040,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,147
Tête enseignante GPT0,322
Écart entre enseignants0,174 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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