Peer Review #1 of "Genome-wide identification and expression analysis of new cytokinin metabolic genes in bread wheat (Triticum aestivum L.) (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Cytokinins (CKs) are involved in determining the final grain yield in wheat.Multiple gene families are responsible for the controlled production of CKs in plants, including isopentenyl transferases for de novo synthesis, zeatin O-glucosyltransferases for reversible inactivation, β-glucosidases for reactivation, and CK oxidases/dehydrogenases for permanent degradation.Identifying and characterizing the genes of these families is an important step in furthering our understanding of CK metabolism.Using bioinformatics tools, we identified four new TaIPT, four new TaZOG, and 25 new TaGLU genes in common wheat.All of the genes harbored the characteristic conserved domains of their respective gene families.We renamed TaCKX genes on the basis of their true orthologs in rice and maize to remove inconsistencies in the nomenclature.Phylogenetic analysis revealed the early divergence of monocots from dicots, and the gene duplication event after speciation was obvious.Abscisic acid-, auxin-, salicylic acid-, sulfur-, drought-and light-responsive cis-regulatory elements were common to most of the genes under investigation.Expression profiling of CK metabolic gene families was carried out at the seedlings stage in AA genome donor of common wheat.Exogenous application of phytohormones (6benzylaminopurine, salicylic acid, indole-3-acetic acid, gibberellic acid, and abscisic acid) for 3 h significantly upregulated the transcript levels of all four gene families, suggesting that plants tend to maintain CK stability.A 6-benzylaminopurine-specific maximum foldchange was observed for TuCKX1 and TuCKX3 in root and shoot tissues, respectively; however, the highest expression level was observed in the TuGLU gene family, indicating that the reactivation of the dormant CK isoform is the quickest way to counter external stress.The identification of new CK metabolic genes provides the foundation for their indepth functional characterization and for elucidating their association with grain yield.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,042 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,442 | 0,267 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».