HLA-B*35 as a new marker for susceptibility to Human T-cell Lymphotropic Virus type 1 (HTLV-1) Associated Myelopathy/Tropical Spastic Paraparesis (HAM/TSP) in patients living in Argentina
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Human T lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is the etiological agent of HTLV associated myelopathy/ Tropical Spastic Paraparesis (HAM/TSP) and Adult T cell leukemia/lymphoma (ATLL), in around 2-5% of the infected individuals. Host genetic background might play a role in disease progression. Several previous studies across many countries report HLA haplotype to be one such factor. Here, we sequenced HLA-A, -B and -C of 72 individuals by Sequence-Based Typing (SBT), and compared the frequency of different alleles among ATLL patients, HAM/TSP patients, asymptomatic carriers and non-infected individuals living in Argentina. Results: The frequency of HLA-A, -B and -C alleles largely matched that of the general population in Argentina. We identified HLA-A*02 and HLA-B*35 as associated to protection from ATLL (p=0.037) and susceptibility to HAM/TSP (p<0.001), respectively. We also found a strong correlation between high proviral load (PVL) and disease (p=0.003), but were unable to identify any particular allele associated with high or low PVL. Conclusions: Our results match several previous reports that link HLA-A*02 and protection from disease. However, this is the first study associating HLA-B*35 to susceptibility to disease in HTLV-1, an allele that has been largely associated to different severity factors related to other viral infections, such as Human Immunodeficiency Virus (HIV-1) and Hepatitis B Virus (HBV).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».