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Enregistrement W4249448720 · doi:10.1111/1755-0998.12042

Molecular approaches identify known species, reveal cryptic species and verify host specificity of Chinese <i>Philotrypesis</i> (Hymenoptera: Pteromalidae)

2013· article· en· W4249448720 sur OpenAlexafffundabout
Mei‐Jiao Zhou, Jinhua Xiao, Sheng‐Nan Bian, Yanwei Li, Li‐Ming Niu, Haoyuan Hu, Wenshan Wu, Robert W. Murphy, Da‐Wei Huang

Notice bibliographique

RevueMolecular Ecology Resources · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueResearch on scale insects
Établissements canadiensRoyal Ontario Museum
Organismes subventionnairesChinese Academy of SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of CanadaOntario Genomics InstituteGenome Canada
Mots-clésGenBankBiologyDNA barcodingBarcodePteromalidaeTable (database)Accession number (library science)Evolutionary biologyGenealogyGeneticsHost (biology)DatabaseComputer scienceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

After publication of Zhou et al. (2012), we noticed that data accompanying some of our cytochrome c oxidase I (COI) sequences were incomplete or contained errors. These sequences were all referenced by process ID numbers from the Barcode of Life Database (BOLD, Ratnasingham & Hebert 2007), rather than by GenBank accession numbers. In Table 1 of the original publication, these process IDs all began with a five-letter code, which was either YLCFW or YLCFX. For the 61 COI sequences with BOLD process IDs, the sequencing site was not the one specified in Zhou et al. (2012). These 61 sequences were obtained in 2008 at the Canadian Centre for DNA Barcoding (CCDB) at the Biodiversity Institute of Ontario (University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada). All other sequences were obtained as specified in the original publication. In addition, collateral information for 28 of these 61 sequences contained errors. Three of the 28 records contained incomplete locality data. All Philotrypesis collected from Ficus hirta were labeled as originating in Fujian. This information is correct for all associated ITS2 sequences, and for the corresponding COI sequences that were identified by GenBank accession numbers in Zhou et al. (2012). However, for the P. josephi records with code JosHirHN, the three COI sequences identified by BOLD process IDs were obtained from specimens collected in Hainan. The remaining 25 affected sequences contained typographical errors in the BOLD process IDs, so a BOLD user who searched for the data using these codes would retrieve the wrong records. Replacement Table 1a lists the 61 records that were identified by BOLD process IDs. It indicates their locations and BOLD IDs as shown in the original manuscript, and the corrections made to 28 of these records. None of these corrections affect the conclusions of the original manuscript. We thank Julie Stahlhut and Paul Hebert for help with the preparation of this Corrigendum. Specimen preparation and sequencing at the Canadian Centre for DNA Barcoding was supported by an award from the Government of Canada through Genome Canada and the Ontario Genomics Institute. We also thank the CCDB staff for technical assistance. This research was also supported, in part, by a Visiting Professorship for Senior International Scientists from the Chinese Academy of Sciences and by Discovery Grant A3148 from the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (to RWM).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2013
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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