A55 LACK OF EXPERIMENTAL REPRODUCIBILITY IN PRECLINICAL RESEARCH IS INFLUENCED BY THE NUTRITIONAL PROFILE OF STANDARD RODENT CHOWS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Lack of experimental reproducibility, particularly in studies investigating the microbiota, is of growing concern to the scientific community. Factors such as environment, stress, and sex have been identified as contributors, whereas dietary composition has received less attention. Aims To profile the use of standard rodent chows in research institutions, analyze the nutrient content of common rodent chows, and assess the impact of different chows on microbiota profiles. Methods A survey was conducted to evaluate which rodent chows are used by research institutions worldwide. Seven standard rodent chows were selected for analysis of ingredients, fermentable carbohydrate (FODMAP) and gluten content. FODMAP content was measured by high-performance liquid-chromatography and enzymatic assays, and gluten content was assessed by a commercial kit using G12 antibody. Forty C57BL/6 mice were randomized to 4 groups of 10 mice (5 male, 5 female). Group A was euthanized at baseline. Group B received the breeding institution chow (LabDiet 5066). Group C received ResearchDiets AIN93G (low FODMAP and gluten content). Group D received LabDiet 5001 (high FODMAP and gluten content). After 3 weeks, cecal contents were collected and analyzed by 16S rRNA gene sequencing; short- and branched-chain fatty acids (SCFA, BCFAs) content was also determined. Results Twenty-eight different types of rodent chows were reported to be used by 45 international survey respondents. Ingredient composition of the standard chows varied widely, resulting in differences in FODMAP and gluten content. Microbiota analysis of cecal contents revealed that gut microbiota composition was altered by the standard chows, as reflected by significantly different clusters in β-diversity analysis as well as by altered α-diversity. Microbiota diversity was also influenced by sex in Groups A and B (p<0.01). Total SCFA levels were lower (p=0.03) and BCFA levels were higher (p=0.01) in Group C compared to Group B. Conclusions Our results suggest that the composition of the diet not only significantly impacts gut microbiota profiles and fermentation patterns but may also emphasize sex differences in preclinical studies, with major implications for the reproducibility of results across laboratories. Funding Agencies CIHRThe Canadian Nutrition Society
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,077 | 0,066 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».