Corrigendum: Diversity of reductive dehalogenase genes from environmental samples and enrichment cultures identified with degenerate primer PCR screens
Notice bibliographique
Résumé
A corrigendum onDiversity of reductive dehalogenase genes from environmental samples and enrichment cultures identified with degenerate primer PCR screens.by Laura A. Hug and Elizabeth A. Edwards (2013). Front. Microbiol. 4:341 doi: 10.3389/fmicb.2013.00341The PCR amplification conditions were inaccurate as originally published, omitting the number of cycles for the final amplification step – a total of 25 cycles should be conducted when annealing at 50°C. The corrected methods are included below.The following conditions were subsequently applied to all described samples: an initial denaturation at 95°C for 5 min, three cycles of denaturation at 95°C for 30 s, primer annealing at 38°C for 30 s, and elongation at 72°C for 90 s, three cycles of amplification denaturation at 95°C for 30 s, primer annealing at 45°C for 30 s, and elongation at 72°C for 90 s, and 25 cycles of denaturation at 95°C for 30 s, primer annealing at 50°C for 30 s, and elongation at 72°C for 90 s, and a final extension at 72°C for 10 min.Conflict of Interest StatementThe authors declare that the research was conducted in the absence of any commercial or financial relationships that could be construed as a potential conflict of interest.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,093 | 0,061 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».