Peer Review #2 of "High prevalence of Lynx rufus gammaherpesvirus 1 in wild Vermont bobcats (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Gammaherpesviruses are host specific DNA viruses that infect a large range of mammalian species.These viruses preferentially target host lymphocyte cell populations and infection may lead to morbidity or mortality in immunocompromised, co-infected, or non-adapted hosts.In this study, we tested for the presence of Lynx rufus gammaherpesvirus 1 (LruGHV1) in a northeastern United States population of wild bobcats (Lynx rufus).We estimated prevalence of infection and viral load in infected individuals using quantitative real-time PCR analysis of spleen DNA from 64 Vermont bobcats.We observed an overall prevalence of 64% using this methodology.Bobcat age was significantly positively associated with GHV infection status, and we noted a trend for higher viral loads in young animals, but prevalence and viral load were similar in male and female bobcats.A single LruGHV1 variant was identified from the sequencing of the viral glycoprotein B gene of Vermont bobcats.This gene sequence was 100% similar to that reported in Florida bobcats and slightly variant from other strains identified in the Western US.Our work suggests broad geographic distribution and high prevalence of LruGHV1 in bobcat populations across the United States with infection attributes that suggest horizontal transmission of the agent.Geographic differences in viral genotype may reflect historical migration and expansion events among bobcat populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,050 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,326 | 0,153 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».