Abstract 4278: International Cancer Genome Consortium (ICGC)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The International Cancer Genome Consortium (ICGC) was established to bring together researchers from around the globe to comprehensively analyze the genomic, transcriptomic, and epigenomic changes in 50 different tumor types or subtypes that are of clinical and societal importance across the globe (International network of cancer genome projects. Nature 464, 993-998 (15 April 2010)). As of December 2013, the ICGC has received commitments from researchers and funding organizations in Asia, Australia, Europe, North America, and South America for 69 project teams in 17 jurisdictions to study more than 25,000 tumor genomes. Over 27,552 tumors that meet ICGC requirements for consent have been obtained, and research pathologists have approved over 24,160 samples with project-confirmed diagnosis as meeting ICGC standards. Processed data is available via the Data Coordination Centre (http://dcc.icgc.org) based at the Ontario Institute for Cancer Research and is updated bimonthly. The latest data release (Version 14) in September 2013 includes datasets from 8532 donors participating in 41 ICGC project teams. The ICGC Data Portal has been improved to provide enhanced support to the research community browsing this vast dataset. ICGC researchers plan to undertake a suite of studies called the Pan-Cancer Analysis Project (PCAP). The analyses will begin in early 2014 using whole genome sequencing (WGS) datasets from approximately 2,000 matched tumour-normal specimen pairs representing more than a dozen different tumour types. It is expected that this effort will lead to the identification of driver mutations outside coding regions including those that affect cis-regulatory regions and non-coding RNAs, and identification of gene regulatory pathways altered by non-coding mutations. Because the projected size of the pan-cancer dataset, i.e. 4,000 WGS, is very large, PCAP will need to use a compute cloud environment (involving multiple computing centers in the USA, Europe, and Asia) that will meet technical requirements of the project and the bioethical framework of ICGC and its member projects. More information can be found on www.icgc.org. Citation Format: Thomas J. Hudson, Jennifer L. Jennings. International Cancer Genome Consortium (ICGC). [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 4278. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-4278
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,028 | 0,052 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,030 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,083 | 0,039 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».