Automation of the Cytokinesis-Block Micronucleus Assay Using Imaging Flow Cytometry for High Throughput Radiation Biodosimetry
Notice bibliographique
Résumé
This thesis contains three manuscripts that, when taken together as a whole, outline the development, optimization and validation of automating the CBMN assay using imaging flow cytometry (FCM) for applications in radiation biodosimetry.Each manuscript, presented as a separate chapter in this thesis, has been expanded upon to include more details regarding the rationale, experimental methods and pertinent results.Chapter 1 contains a general introduction to mass casualty events involving radiation, the biological and cellular effects of ionizing radiation, radiation biodosimetry and both traditional and imaging FCM.It also discusses the rationale for high-throughput automated methods for radiation biodosimetry.Chapter 2 presents background information on the CBMN assay and standard protocols and procedures as applied to radiation biodosimetry.Also presented is an introduction to the principles and concepts of both traditional and imaging flow cytometry.Chapter 3 is based on the manuscript entitled "Automated analysis of the cytokinesisblock micronucleus assay for radiation biodosimetry using imaging flow cytometry" published in Radiation and Environmental Biophysics (53(2), 273-282, 2014).Additional sections describing the procedure used to stain cells for DNA content, the use of cell surface markers and cytoplasm stains as well a more detailed description of the masking strategy used in IDEAS® are included.Chapter 4 is based on the manuscript entitled "Multi-Parameter Dose Estimations in Radiation Biodosimetry using the Automated Cytokinesis-Block Micronucleus Assay with Imaging Flow Cytometry" published in Cytometry Part A (85(10), 883-893, 2014).Additional sections describing results on receiver operating characteristics (ROC) analysis of the automated scoring method in IDEAS® as well as individual donor variability are included.v Chapter 5 is based on the methods developed and results obtained for the manuscript entitled "Validation of the Cytokinesis-Block Micronucleus Assay using Imaging Flow Cytometry for High Throughput Triage Radiation Biodosimetry" submitted to Health Physics (March, 2015).Additional sections detailing the methods used to determine the minimum blood volume required to score sufficient BNCs, 0-10 Gy dose response calibration curves for the rate of MN per BNC for the 72 h, 200 µL; 48 h, 2 mL and 48h, 200 µL culture conditions as well as dose estimations on all blinded samples examined between 0-10 Gy are presented.Chapter 6 contains a summary of the thesis findings and general conclusions on the advancements made in automating the CBMN assay using imaging FCM presented in this thesis as well as a short discussion on possible future work to be performed in this area of automated radiation biodosimetry For consistency, the references have been unified throughout the thesis and are listed at the end of this thesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».