Quartet based phylogeny reconstruction with answer set programming
Notice bibliographique
Résumé
Evolution is an important subarea of study in biological science, where given a set of species, the goal is to reconstruct their evolutionary history, or phylogeny. Many kinds of data associated with the species can be deployed for this task and many reconstruction methods have been proposed and examined in the literature. One very recent approach is to build a local phylogeny for every subset of 4 species, which is called a quartet for these 4 species, and then to assemble a phylogeny for the whole set of species satisfying these predicted quartets. In general, those predicted quartets might not always agree each other; and thus the objective function becomes to satisfy a maximum number of predicted quartets. This is the well-known maximum quartet consistency (MQC) problem, which is studied by a lot of researchers in the last two decades. We present a new equivalent representation for the MQC problem, that is, to search for an ultrametric matrix to satisfy the maximum number of those predicted quartets. We examine a few number of structural properties of the MQC problem in this new representation, through formulating it into answer set programming (ASP), a recent powerful logic programming tool for modeling and solving searching problems. The efficiency and usefulness of our approach are confirmed by our computational experiments on the artificial data as well as two real datasets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».