Faculty Opinions recommendation of Riboswitching on RNA virus replication.
Notice bibliographique
Résumé
Positive-strand RNA viruses direct different virus-specific processes during their infection of host cells. Fundamental events such as viral RNA genome replication are controlled by viral regulatory RNA elements (REs). Here, we have investigated the possibility of specifically modulating the action of a viral RE using RNA aptamer technology. Through rational design, a tombusvirus RE, which has the structure of a perfect RNA stem loop in the plus-strand RNA genome, was replaced with a theophylline-binding RNA aptamer sequence, an imperfect stem loop. The aptamer-RE hybrid was designed so that, upon binding theophylline, it would become more stable and structurally mimic the functional RE (i.e., represent a ligand-inducible RE riboswitch). Initial experiments were conducted with a small noncoding virus genome-derived RNA replicon, and the results showed that replication was inducible, up to approximately 10-fold, in a theophylline-specific and dose-dependent manner. A similar level of theophylline-dependent induction was also observed when a full-length viral genome containing an RE riboswitch was tested. Analysis of this engineered viral genome revealed that this RE, located in the 5' untranslated region, specifically mediates efficient accumulation of plus-strands of the virus genome. Therefore, in addition to allowing for modulation of virus reproduction, the RE riboswitch system also provided insight into RE function. The ability to chemically induce a viral process via modulation of virus genome structure could be useful for basic and applied aspects of research. PMID: 17553958
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,408 | 0,230 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».