Notice bibliographique
Résumé
The 2008 Web Server Issue of Nucleic Acids Research is the sixth in a series of annual special issues dedicated to web-based software resources for analysis of molecular biology data. It is freely available online under NAR' s open access policy and print copies are available for separate purchase. The present issue reports on 94 web servers. A handful of these are updates to existing software, but the overwhelming majority are new resources. The distribution of topics provides a snapshot of challenging problems in computational biology. RNA, DNA and genomes are the focus of a quarter of the papers. Proteins are the subject of another quarter. This year we have had a special emphasis on resources for molecular network and pathway analysis and biological text mining. Thirteen of the papers fall in these categories and an additional 14 papers involve data or analyses that precede or work in conjunction with network analysis, including microarray data and gene set enrichment analysis. The remainder of the papers constitute a mix of topics including phylogenomics, mass spectroscopy and NMR and computational immunomics. The scientists and programmers who have provided us with these resources deserve our immense thanks. They epitomize the scientific spirit of work shared for the benefit of all. Also included in the present issue is the Bioinformatics Links Directory 2008 update by Michelle Brazas, Francis Ouellette and their colleagues at the Ontario Institute for Cancer Research. The directory, at http://bioinformatics.ca/links_directory , is a searchable compilation of web servers published in this and previous Web Server issues together with other useful tools, databases and resources for life sciences research. I would like to thank these authors for their tireless work for the community. The Web Server issue would not be possible without the conscientious efforts of literally hundreds of reviewers. Thanks to you all. My work was made immeasurably easier by the dedicated editorial assistance of Fay Oppenheim. Thank you. Thanks also to Karen Otto of NAR and the staff at Oxford University Press for their invaluable assistance. For the 2009 Web Server issue, we will add metagenomics to the continuing special focus on network and pathway analysis and biological text mining. Of course, topics more generally related to DNA, RNA and proteins are welcome. Authors wishing to submit manuscripts for the 2009 Web Server issue must contact me at narwbsrv@bu.edu to check the suitability of their proposed submission by 31 December 2008 at the latest. A maximum one page summary of the web server function, along with the URL address of the fully functional website, should be submitted for this purpose. Detailed instructions and requirements are presented at http://www.oxfordjournals.org/nar/for_authors/submission_webserver.html and this information should be consulted before sending in the summary. The deadline for submission of articles is 31 January 2009.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,162 | 0,102 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».