Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus pneumoniae is a major cause of morbidity and mortality globally, causing respiratory infections, including community-acquired pneumonia and invasive pneumococcal disease (IPD). Antibiotic resistance in S. pneumoniae is a very serious clinical and public health problem worldwide as such infections are among the leading causes of illness and death for young children, people with underlying debilitating medical conditions and elderly people. Several interventions have been made to limit the further emergence and spread of drug-resistant S. pneumoniae, including campaigns for appropriate use of antibiotics and the introduction of pneumococcal conjugate vaccines. But even more effective strategies are needed in the community. In this Supplement to the Journal of Antimicrobial Chemotherapy the most predominant serotypes of invasive S. pneumoniae infection collected by the annual SAVE study in Canada between 2011 and 2015 are characterized. SAVE is an ongoing, annual, national study focused on characterizing invasive isolates of S. pneumoniae obtained across Canada. During the survey period, it was found that the overall rate of MDR S. pneumoniae was 6.2%. The susceptibility of invasive isolates of S. pneumoniae in Canada has significantly increased to penicillin, clindamycin and ceftriaxone, although there was a significant decrease in MDR phenotypes. PCV-13 vaccine included the most commonly identified serotype 19A, but other increasingly important MDR serotypes in the present study, such as 15A, 24F and 33F, are not included in the current vaccines. Additionally, the observations made indicate the high genetic variability of S. pneumoniae major serotypes. Molecular and phylogenetic analyses identified serotypes 19A, 15A, 6C, 9N and 33F as highly diverse, whereas 7F, 22F and 11A demonstrated clonality. The pathogen has also demonstrated the capacity to propagate successful clones, such as ST320, ST433 and ST191, while also participating in frequent recombination to increase genetic diversity and spread antimicrobial resistance genes. Thus, despite successful use of conjugate vaccines, S. pneumoniae was found to remain a highly diverse organism in Canada. Last but not least in this Supplement, the increased ability of WGS to discriminate between closely related isolates has been illustrated. Considering the fact that S. pneumoniae continues to evolve in Canada, WGS will be a valuable tool for epidemiological and antimicrobial resistance studies. None to declare.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,601 | 0,413 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».