Determination of the native form of FadD, the Escherichia coli fatty acyl-CoA synthetase, and characterization of limited proteolysis by outer membrane protease OmpT
Notice bibliographique
Résumé
Several studies have described FadD, the Escherichia coli fatty acyl-CoA synthetase [also known as fatty acid:CoA ligase (AMP-forming); EC 6.2.1.3], as a 42–50kDa enzyme. Based on sequencing and expression data from the fadD gene, other reports have suggested that FadD is a 62kDa protein and represents the sole fatty acyl-CoA synthetase in E. coli. We report that the 62kDa FadD enzyme is a substrate for the outer membrane protease OmpT in vitro, producing a 43kDa C-terminal fragment and a 19kDa N-terminal fragment. Immunoblotting with a FadD antibody revealed that only the 62kDa form of the enzyme is present in vivo, but we utilized the proteolytic sensitivity of FadD to investigate its structure. Photoaffinity labelling experiments revealed that both intact FadD and the 43kDa fragment bound a long-chain fatty acid. Intact and cleaved FadD were also purified to determine the effect of cleavage on function. When using oleate as a substrate, cleaved FadD displayed 2-fold higher Km and Vmax values compared with intact FadD, but the catalytic efficiencies (kcat/Km) of the two forms were similar. This indicated that cleavage did not adversely affect enzyme activity. Proteolysis of FadD by OmpT was altered by the presence of oleate or ATP, both of which are ligands for the fatty acyl-CoA synthetase. This suggested that FadD undergoes ligand-induced conformational changes and implies that the region surrounding the cleavage site is mobile, a common characteristic of linker domains.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».