Conjugative transfer of plasmid pJP4 in defined biofilms and catabolic activity of transconjugant cells
Notice bibliographique
Résumé
Horizontal gene transfer facilitates the successful exploitation of plasmids and other mobile genetic elements in the bioaugmenation of polluted environments. Biofilms promote plasmid stability and may enhance transfer frequency as well as the host range of mobile genetic elements that are transferred horizontally. In many cases, the conjugative transfer of catabolic genes to recipient cells does not result in a functional phenotype of the plasmid in recipient cells. The functionality of degrading phenotype might depend on the genetic characteristics of transconjugants and environmental conditions. The first objective of this project was to study the conjugative transfer of plasmid pJP4 (which carries genes that encode catabolic functions for the degradation of a herbicide, 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-2,4-D) in Pseudomonas putida biofilms in the absence of selective pressure. Transconjugant cells were detected microscopically based on their plasmid-conferred red fluorescent protein (DsRed) fluorescence. The results indicated that plasmid pJP4 was transferred from the donor P. putida strain to recipient P. putida biofilms under non selective pressure condition. The second objective of this study was to investigate 2,4-D degradation capability of a plasmid pJP4 transconjugant strain (isolated from a soil bacterial community) in a batch culture system as well as plasmid stability in the planktonic cultures in the absence of selective pressure. The results showed that the reactor with plasmid pJP4 transconjugant strain contained less than 5% of the initial concentration (221mg/L) of 2,4-D (concentration of 2,4-D was measured spectrophotometrically at 230 nm) after 12 days whereas, the reactors with donor P. putida SM1443 carrying plasmid pJP4, P. putida ATCC12633, transconjugant strain without a plasmid and a soil microbial community contained 30%, 60%,80% and 37% of the initial concentration of 2,4-D respectively. The capability of plasmid pJP4 transconjugant strain to maintain its plasmid (plasmid loss rate) in planktonic cultures under non-selective pressure condition was also observed. Plasmid pJP4 was lost from almost 70% of the transconjugant population within 24 generations (the presence of plasmid in planktonic cultures was detected over time by confocal laser scanning microscopy and spread plate techniques). These observations may be useful for future plasmid pJP4 mediated genetic bioaugmentation studies of polluted environmental samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».