Computer Simulation of In Vitro Formation of PHB Granules: Particulate Polymerization
Notice bibliographique
Résumé
The kinetics of poly(3-hydroxybutyrate) granules formed in vitro from [R]-(–)-3-hydroxybutyryl–Coenzyme A (CoA) monomer in the presence of PHA synthase were followed using transmission electron microscopy (TEM) and Cryo-TEM. Round granules were formed rapidly at the beginning of the experiment, growing from the initially observed diameter of 0.1 μm to about 1 μm within a few minutes. In contrast to the rapid granule growth, the initial conversion (polymerization) rate was slow. After a lag phase lasting several minutes, the conversion rate reached its maximum value while the total number of granules steadily declined. We account for these observations as follows: • The initial granules are vesicle-like, being stabilized by a monomolecular enzyme layer on their surface. • The initial granules are microporous, i.e., contain some polymer but are mainly filled with water. • The granules collide due to Brownian motion and coalescence occurs accounting for most of the diameter growth. • The polymerization is topotactic and is hindered by the surface energy required to extrude the hydrophobic polymer into the largely aqueous environment inside the granules. • As the granules accumulate PHB, polymerization is increasingly favored and its rate reaches a maximum. A computer program was written to test the model. The dynamic display simulates the in vitro growth of the granules in three-dimensional space. The simulation mimics granule formation, monomer conversion, Brownian motion, and coalescence. The sizes and compositions of all particles are recorded and simulated data are plotted and compared with experimental observations. The computer simulation approximated the experimental data and validated the mechanistic hypotheses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».