Faculty Opinions recommendation of Time-resolved NMR methods resolving ligand-induced RNA folding at atomic resolution.
Notice bibliographique
Résumé
Structural transitions of RNA between alternate conformations with similar stabilities are associated with important aspects of cellular function. Few techniques presently exist that are capable of monitoring such transitions and thereby provide insight into RNA dynamics and function at atomic resolution. Riboswitches are found in the 5'-UTR of mRNA and control gene expression through structural transitions after ligand recognition. A time-resolved NMR strategy was established in conjunction with laser-triggered release of the ligand from a photocaged derivative in situ to monitor the hypoxanthine-induced folding of the guanine-sensing riboswitch aptamer domain of the Bacillus subtilis xpt-pbuX operon at atomic resolution. Combining selective isotope labeling of the RNA with NMR filter techniques resulted in significant spectral resolution and allowed kinetic analysis of the buildup rates for individual nucleotides in real time. Three distinct kinetic steps associated with the ligand-induced folding were delineated. After initial complex encounter the ligand-binding pocket is formed and results in subsequent stabilization of a remote long-range loop-loop interaction. Incorporation of NMR data into experimentally restrained molecular dynamics simulations provided insight into the RNA structural ensembles involved during the conformational transition. PMID: 17895388
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,042 | 0,035 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».