MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W4255261043 · doi:10.1161/atvb.37.suppl_1.14

Abstract 14: Characterization of the Oxidized Phospholipid Modification of Apolipoprotein(a) Kringle KIV10: Insights Into the Site of OxPC Addition

2017· article· en· W4255261043 sur OpenAlexaff
Corey A. Scipione, Travis DeWolfe, James W. Gauld, Michael B. Boffa, Amir Ravandi, Marlys L. Koschinsky

Notice bibliographique

RevueArteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLipoproteins and Cardiovascular Health
Établissements canadiensSt. Boniface HospitalWestern UniversityUniversity of WindsorRobarts Clinical Trials
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLysineCovalent bondChemistryBiochemistryApolipoprotein BKringle domainLipoproteinAlanineAmino acidGeneCholesterol

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Elevated plasma levels of lipoprotein(a) (Lp(a)) are an independent and causal risk factor for coronary heart disease and aortic valve stenosis. Lp(a) consists of a low density lipoprotein (LDL)-like particle covalently linked to the unique glycoprotein apolipoprotein(a) (apo(a)). We have shown that apo(a) contains a covalent oxidized phosphocholine (oxPC) adduct on the KIV 10 domain, and that perturbation of the strong lysine binding site (LBS) in this kringle results in a lack of covalent oxPC addition. We have implicated this modification in proinflammatory processes, such as the ability of apo(a) to induce interleukin-8 expression in macrophages. Apo(a) from Old World monkeys and apes lacks covalent oxPC modification and contains mutations in KIV 10 , some of which impact the LBS. To identify the amino acids in human apo(a) that are covalently modified by oxPC, we mutagenized a KIV 10 KV di-kringle apo(a) that contains covalent oxPC modification. We mutated to alanine all residues that are either substituted in primate apo(a) or that can act as acceptors for covalent oxPC addition. The resulting variants were then subjected to immunoblotting analysis with E06, an IgM antibody that binds to oxPC, and assessment of lysine-binding ability using affinity chromatography. Mutation of His33 to Ala abolishes oxPC modification of apo(a) while retaining the lysine binding ability of KIV 10 . Thus, we have identified the long-sought location of the oxPC modification of apo(a). Molecular dynamic simulations of the oxPC-deficient mutant show no gross changes in the structure of KIV 10 , in contrast to mutations that abolish both lysine binding ability and oxPC addition that result in a collapsed lysine binding pocket. Using mass spectrometry, we have also identified noncovalently-associated oxPC present on apo(a). Interestingly, the abundance of these species appears to be reduced in the apo(a) variant containing a mutation in the strong lysine binding site in KIV 10 . Our findings allow the ability to assess the contributions to pathogenesis of the strong lysine binding site and oxPC modification of apo(a) kringle IV type 10 independently, and thus will enhance our understanding of the mechanisms by which Lp(a) contributes to atherothrombotic diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueArteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology→Même sujetLipoproteins and Cardiovascular Health→Travaux en français237 207→