Characterization of an Alternative Starch Utilization System from the Human Gut Bacterium <i>Bacteroides thetaiotaomicron</i> and its Implications in Human Nutrition
Notice bibliographique
Résumé
Bacteroides thetaiotaomicron is a dominant member of the human gut microbiota and has been shown to play an important role in the physiological state of the human body with influences on nutrition, pathology and immunological development. This bacterium has been recorded to have an extensive array of genes involved in the acquisition and utilization of dietary and human mucosal glycans. The ability to utilization such dietary carbohydrates were first recognized with the Starch Utilization System (Sus) and demonstrated an important metabolic cascade that allows B.thetaiotaomicron to thrive in the gut. The objective of our study is to investigate an additional starch system in B.thetaiotaomicron and critically analyze its contribution to starch utilization in the human colon. This system is predicted to function similarly to Sus with outer membrane binding of starch glycans by a SusD‐homolog, transportation of glycans into the bacterial cell by a SusC‐homolog, periplasmic hydrolysis by a GH31 and GH97 glycoside hydrolases and gene up‐regulation by a Two‐Component System regulator. Using biochemical techniques, our research has demonstrated for the first time that a SusD homolog has the ability to hydrolyze starch glycans outside the cell and assist in the utilization of starch as an energy source. Furthermore, through biochemical and structural studies, we are able to show maltooligosaccharide hydrolysis from a GH31 enzyme, complemented with a GH 97 enzyme, revealing dual alpha‐glucosidic activity in the periplasm. These mechanisms demonstrate a divergence of starch utilization and further provide supporting evidence of the evolutionary advantage this bacterium has in the human colon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».