Inhibition and comprehensive analysis of hiv-1 vpu, examination of retroviral trafficking, and characterization of sars-cov-2 genetic material in wastewater
Notice bibliographique
Résumé
Both HIV-1 and SARS-CoV-2 have been responsible for millions of infectionrelated deaths. Despite advances in treatment for both viruses, neither has a cure, and those living with the disease can unknowingly spread the virus. Because of this, research efforts to further the understanding, and control of both HIV-1 and SARS-CoV-2 are of upmost importance. A potential target for additional treatments for HIV -1 is Vpu, an accessory protein. Vpu counteracts host proteins that are detrimental to the virus, such as CD4 and Tetherin, enhancing viral dissemination and evasion of the host immune system. We have generated a library of Vpu clones in which each codon was individually randomized, resulting in a possible 1,620 amino acid mutants. With this library, we are able to look Vpu : target interactions in a comprehensive manner increasing our understanding of important residues in the functional protein. In a similar manner, we used a known target of Vpu, GaLV Env, to create a high throughput screening method for Vpu inhibitors and successfully identified two inhibitors with Vpu specificity that rescued CD4 and Tetherin downmodulation while also rescuing ADCC killing of infectious cells. In another retroviral study, examining pseudotype compatibility between various retroviruses and glycoproteins, we identified a mis-trafficking event within assembly of MLV gag protein inside HeLa but not HEK293FT cells. This suggests that the viral particles are mis-trafficked, and are either surrounded by or directly adjacent to lysosomal particles. In 2020, SARS-CoV-2 became a global pandemic, and many research efforts transitioned to finding treatments, vaccines, cures, and methods of understanding and tracking viral spread. It was soon noted that SARS-CoV-2 genetic material was detectable in wastewater. Here, we characterize genetic material collected from wastewater samples and find that wastewater likely contains fully intact enveloped particles. Taken together, these 4 studies contribute to a better understanding of HIV-1 and SARS-CoV-2 and provide tools that can be used long-term to further the understanding of these viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».