Back from the dead: the atypical kinase activity of a pseudokinase regulator of cation fluxes during inducible immunity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract While most pseudokinases lack phosphotransfer activity due to altered catalytic residues within their kinase domain, a subset of pseudokinases maintain kinase activity through atypical mechanisms. The Arabidopsis ILK1 is a pseudokinase from the Raf-like MAP3K family and is the only known plant pseudokinase with confirmed kinase activity. ILK1 activity promotes microbial pattern-induced root growth inhibition through its stabilization of the HAK5 potassium transporter with the calmodulin-like protein CML9. ILK1 also has a kinase-independent function in salt stress suggesting that it interacts with additional proteins. We determined that members of the ILK subfamily are the sole pseudokinases within the Raf-like MAP3K family and identified 179 novel putative ILK1 protein interactors. We also identified 70 novel peptide targets for ILK1, the majority of which were phosphorylated in the presence of Mn 2+ instead of Mg 2+ in line with modifications in ILK1’s DFG cofactor binding domain. Overall, the ILK1-targeted or interacting proteins included diverse protein types including transporters (HAK5, STP1), protein kinases (MEKK1, MEKK3), and a cytokinin receptor (AHK2). The expression of 31 genes encoding putative ILK1-interacting or phosphorylated proteins, including AHK2, were altered in the root and shoot in response to molecular patterns suggesting a role for these genes in immunity. We describe a potential role for ILK1 interactors in the context of cation-dependent immune signaling responses, highlighting the importance of K + in MAMP responses. This work further supports the notion that ILK1 is an atypical kinase with an unusual cofactor dependence that may interact with multiple proteins in the cell.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».