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Enregistrement W4280537871 · doi:10.3390/genes13050913

RETRACTED: RADseq Data Suggest Occasional Hybridization between Microcebus murinus and M. ravelobensis in Northwestern Madagascar

2022· article· en· W4280537871 sur OpenAlexaff
Helena Teixeira, Tobias van Elst, Malcolm A. Ramsay, Romule Rakotondravony, Jordi Salmona, Anne D. Yoder, Ute Radespiel

Dossier post-publication

NatureRetraction
MotifContamination of Cell Lines/Tissues;Error in Analyses;Error in Results and/or Conclusions;
Date11/18/2022 0:00
Signalé par OpenAlex ?Oui

Source : Retraction Watch, jointe par DOI. OpenAlex consigne la rétractation dans is_retracted, un booléen sur un espace d'états à au moins quatre valeurs ; il ne peut donc exprimer ni une expression de préoccupation, ni une correction, ni un rétablissement, et les rapporte comme false, ce qui se lit comme « rien à signaler ».

Notice bibliographique

RevueGenes · 2022
Typearticle
Langueen
DomainePsychology
ThématiquePrimate Behavior and Ecology
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesOperation WallaceaDeutsche ForschungsgemeinschaftBundesministerium für Bildung und ForschungNorddeutscher Verbund für Hoch- und Höchstleistungsrechnen
Mots-clésBiologySympatryIntrogressionPhylogeographyHybrid zoneParapatric speciationZoologyRange (aeronautics)Reproductive isolationGene flowAllopatric speciationEcologyEvolutionary biologyPhylogenetic treeSympatric speciationGeneticsPopulationGenetic variation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The occurrence of natural hybridization has been reported in a wide range of organisms, including primates. The present study focuses on the endemic lemurs of Madagascar, primates for which only a few species occur in sympatry or parapatry with congeners, thereby creating limited opportunity for natural hybridization. This study examines RADseq data from 480 individuals to investigate whether the recent expansion of Microcebus murinus towards the northwest and subsequent secondary contact with Microcebus ravelobensis has resulted in the occurrence of hybridization between the two species. Admixture analysis identified one individual with 26% of nuclear admixture, which may correspond to an F2- or F3-hybrid. A composite-likelihood approach was subsequently used to test the fit of alternative phylogeographic scenarios to the genomic data and to date introgression. The simulations yielded support for low levels of gene flow (2Nm0 = 0.063) between the two species starting before the Last Glacial Maximum (between 54 and 142 kyr). Since M. murinus most likely colonized northwestern Madagascar during the Late Pleistocene, the rather recent secondary contact with M. ravelobensis has likely created the opportunity for occasional hybridization. Although reproductive isolation between these distantly related congeners is not complete, it is effective in maintaining species boundaries.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesIntégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants1,000
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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