Clinical and phylogenetic influenza dynamics for the 2019-20 season in the global influenza hospital surveillance network (GIHSN) – Pilot study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN) has operated with the aim of investigating epidemiological and clinical factors related to severe influenza-related hospitalisations. STUDY DESIGN: A common GIHSN core protocol for prospective patient enrolment was implemented. Hospital personnel completed a standardized questionnaire regarding the included patients' medical history, compiled a hospitalisation summary, collected an upper respiratory swab sample for laboratory diagnosis, and genome sequencing was performed for a subset of samples. Patient data were compared according to influenza subtype, lineage, and phylogenetic groups using the Fisher's exact test. RESULTS: From September 2019 to May 2020, 8791 patients aged ≥5 years were included. Among them, 3021 (34.4%) had a laboratory-confirmed influenza diagnosis. Influenza A(H1N1)pdm09 dominated the season among all age groups, while the B/Victoria-like lineage accounted for over half of the infections among younger age groups (5-49 years). Sequencing of the hemagglutinin segment was possible for 623 samples and revealed an influenza A and B clade frequency among severe influenza hospitalisations similar to other medically attended surveillance networks, such as the WHO GISRS. No phylogenetic clustering was observed among hemagglutinin substitutions depending on the administration of supplemental oxygen or vaccine failure. CONCLUSIONS: The GIHSN confirms its ability as an international hospital-based active surveillance network to provide valuable information on influenza infection dynamics in hospital settings. Increasing the number of participating sites and compiling more complete data, such as genome sequencing, will allow the exploration of associations between viral factors, vaccine protection, and disease severity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».