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Enregistrement W4280551112 · doi:10.1016/j.gim.2022.04.010

Discovering a new part of the phenotypic spectrum of Coffin-Siris syndrome in a fetal cohort

2022· article· en· W4280551112 sur OpenAlexaff
Pleuntje J. van der Sluijs, Marieke Joosten, Caroline Alby, Tania Attié‐Bitach, Kelly L. Gilmore, Christèle Dubourg, Mélanie Fradin, Tianyun Wang, Evangeline C. Kurtz‐Nelson, Kaitlyn Ahlers, Peer Arts, Christopher Barnett, Myla Ashfaq, Anwar Baban, Myrthe van den Born, Sarah C. Borrie, Tiffany Busa, Alicia B. Byrne, Miriam Lucia Carriero, Claudia Cesario, Karen Chong, Anna M. Cueto‐González, Jennifer C. Dempsey, Karin E. M. Diderich, Dan Doherty, Stense Farholt, Erica H. Gerkes, Svetlana Gorokhova, Lutgarde Govaerts, Pernille Axél Gregersen, Scott E. Hickey, Mathilde Lefebvre, Francesca Mari, Jéléna Martinovic, Hope Northrup, Melanie O’Leary, Kareesma Parbhoo, Sophie Patrier, Bernt Popp, Fernando Santos‐Simarro, Corinna Stoltenburg, Christel Thauvin‐Robinet, Elisabeth Morgan Thompson, Anneke T. Vulto‐van Silfhout, Farah Zahir, Hamish S. Scott, Rachel K. Earl, Evan E. Eichler, Neeta L. Vora, Yael Wilnai, Jessica L. Giordano, Ronald J. Wapner, Jill A. Rosenfeld, Monique C. Haak, Gijs W.E. Santen

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoSickKids FoundationMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Eye InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of HealthBroad InstituteNational Institute of Mental HealthEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésCohortPhenotypeFetusMedicineCoffinPediatricsGeneticsInternal medicineBiologyAnatomyPregnancy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Genome-wide sequencing is increasingly being performed during pregnancy to identify the genetic cause of congenital anomalies. The interpretation of prenatally identified variants can be challenging and is hampered by our often limited knowledge of prenatal phenotypes. To better delineate the prenatal phenotype of Coffin-Siris syndrome (CSS), we collected clinical data from patients with a prenatal phenotype and a pathogenic variant in one of the CSS-associated genes. METHODS: Clinical data was collected through an extensive web-based survey. RESULTS: We included 44 patients with a variant in a CSS-associated gene and a prenatal phenotype; 9 of these patients have been reported before. Prenatal anomalies that were frequently observed in our cohort include hydrocephalus, agenesis of the corpus callosum, hypoplastic left heart syndrome, persistent left vena cava, diaphragmatic hernia, renal agenesis, and intrauterine growth restriction. Anal anomalies were frequently identified after birth in patients with ARID1A variants (6/14, 43%). Interestingly, pathogenic ARID1A variants were much more frequently identified in the current prenatal cohort (16/44, 36%) than in postnatal CSS cohorts (5%-9%). CONCLUSION: Our data shed new light on the prenatal phenotype of patients with pathogenic variants in CSS genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,299
Score d'incertitude au seuil0,280

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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