A revised perspective on the evolution of troponin I and troponin T in vertebrates
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The troponin (Tn) complex, responsible for the Ca 2+ activation of striated muscle, is composed of three interacting protein subunits: TnC, TnI, and TnT, encoded by TNNC , TNNI , and TNNT genes. TNNI and TNNT are sister gene families, and in mammals the three TNNI paralogs ( TNNI1 , TNNI2 , TNNI3 ), which encode proteins with tissue-specific expression, are each in close genomic proximity with one of the three TNNT paralogs ( TNNT2 , TNNT3 , TNNT1 , respectively). It has been widely presumed that all vertebrates broadly possess genes of these same three classes, although earlier work has overlooked jawless fishes (cyclostomes) and cartilaginous fishes (chimaeras, rays and sharks), which are distantly related to other jawed vertebrates. With a new phylogenetic and synteny analysis of a diverse array of vertebrates including these taxonomic groups, we define five distinct TNNI classes ( TNNI1 -5), with TNNI4 and TNNI5 being only present in non-mammalian vertebrates and typically found in tandem, and four classes of TNNT ( TNNT1-4 ). These genes are located in four genomic loci that were generated by the 2R whole-genome duplication events. TNNI3 , encoding ‘cardiac TnI’ in mammals, was independently lost in cartilaginous and ray-finned fishes. Ray-finned fishes predominantly express TNNI1 in the heart. TNNI5 is highly expressed in shark hearts and contains an N-terminal extension similar to that of TNNI3 found in tetrapod hearts. Given that TNNI3 and TNNI5 are distantly related, this supports the hypothesis that the N-terminal extension may be an ancestral feature of vertebrate TNNI and not an innovation unique to TNNI3 , as has been commonly believed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,006 |
| Communication savante | 0,004 | 0,010 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».