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Enregistrement W4280608674 · doi:10.3389/fmolb.2022.912700

Editorial: Sulfation Pathways—There and Back Again

2022· editorial· en· W4280608674 sur OpenAlexaff
Jon Wolf Mueller, Abby C. Collier, Tarsis F. Gesteira

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Molecular Biosciences · 2022
Typeeditorial
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNitrogen and Sulfur Effects on Brassica
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSulfationComputational biologyChemistryComputer scienceBiologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sulfation Pathways are understood as the oxidative branch of sulfur metabolism (Günal et al., 2019).Core to sulfation pathways is sulfate activation, the transfer of sulfate to biological acceptor molecules and its dynamic cleavage in a spatially and temporally specific manner.The biochemical problem of sulfate activation is evident even in geological specimens-gypsum may be observed in orthopedic casts, an example of the highly inert sulfate ion (Figure 1).A significant amount of energy is needed to turn biological sulfate into PAPS (3′-phosphoadenosine-5′-phospho-sulfate), the active sulfate form.The many and diverse sulfation acceptor molecules in biology dictate the molecular functions of ubiquitous sulfation pathways.Recent publications have highlighted doubly sulfated steroids (Lightning et al., 2021) as well as sulfo-conjugated vitamin D species (Jenkinson et al., 2022).This Research Topic focused on Advances in Sulfation Pathways Research features nine research articles and three reviews, authored by 63 individual scientists, significantly advancing the field of Sulfation Pathways, highlighted within the following paragraphs:Research into sulfation pathways always relied on state-of-the-art analytical methods.Hence, we are pleased to present novel mass-spectrometry-based ways of profiling sulfated metabolites in urine by Fitzgerald et al.Developing mass spectrometry methods is impossible however without having the respective pure compounds readily at hand.In this regard, Alshehri et al. report a novel sulfation strategy to prepare steroid sulfates and isotopically labeled variations thereof, certainly an innovation with great importance for the field.Whenever coming from a genomic viewpoint, it may be necessary to characterize a sulfation enzyme with regards to its activity.With this in mind, Sun et al. have prepared a manuscript on optimized sulfotransferase assays.Sulfation impacts greatly on steroidogenesis-sulfated steroids may represent transport forms and/or modulate downstream processing (Foster and Mueller, 2018).Two studies by Pavlič et al. and De Almeida Da Costa et al. independently provide experimental evidence that endometrial tissues can generate estrogens from circulating steroid sulfates.Sulfation of steroids predominantly occurs within the cytosol and sulfated steroids then need dedicated transporters to enter circulation and for the uptake into target tissues.Karakus et al. provide an in-depth study about the steroid sulfate uptake transporter SOAT (SLC10A6) in adipose tissue that illustrates this well.When studying sulfated steroids, not only are circulating steroids important, but also sulfated neuro-steroids.This Research Topic features two review articles about steroid sulfation in neurodegenerative diseases by Vitku et al. and during neurodevelopment by Clarke et al.Fascinating topics that will enable exciting discoveries in future, with great potential for the development of novel therapeutics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,014
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Éditorial · Signal consensuel: Éditorial
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,074

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,014
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0030,003
Communication savante0,0060,006
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0130,020
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0220,023

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreÉditorial

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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