Distinct Gene Expression Patterns of Calcium Channels and Related Signaling Pathways Discovered in Lymphomas
Notice bibliographique
Résumé
Cell surface calcium (Ca 2+ ) channels permit Ca 2+ ion influx, with Ca 2+ taking part in cellular functions such as proliferation, survival, and activation. The expression of voltage-dependent Ca 2+ (Ca V ) channels may modulate the growth of hematologic cancers. Profile analysis of Ca 2+ channels, with a focus on the Ca 2+ release-activated Ca 2+ (CRAC) and L-type Ca V channels, was performed on RNA sequencing data from lymphoma cell lines and samples derived from patients with diffuse large B cell lymphoma (DLBCL). Ca V 1.2 expression was found to be elevated in classical Hodgkin lymphoma (CHL) cell lines when compared to other B cell lymphoma cell lines. In contrast, CHL exhibited reduced expression of ORAI2 and STIM2. In our differential expression analysis comparing activated B cell-like DLBCL (ABC-DLBCL) and germinal centre B cell-like DLBCL (GCB-DLBCL) patient samples, ABC-DLBCL revealed stronger expression of Ca V 1.3, whereas Ca V 1.1, Ca V 1.2, and Ca V 1.4 showed greater expression levels in GCB-DLBCL. Interestingly, no differences in ORAI/STIM expression were noted in the patient samples. As Ca 2+ is known to bind to calmodulin, leading to calcineurin activation and the passage of nuclear factor of activated T cells (NFAT) to the cell nucleus, pathways for calcineurin, calmodulin, NFAT, and Ca 2+ signaling were also analyzed by gene set enrichment analysis. The NFAT and Ca 2+ signaling pathways were found to be upregulated in the CHL cell lines relative to other B cell lymphoma cell lines. Furthermore, the calmodulin and Ca 2+ signaling pathways were shown to be downregulated in the ABC-DLBCL patient samples. The findings of this study suggest that L-type Ca V channels and Ca 2+ -related pathways could serve as differentiating components for biologic therapies in targeted lymphoma treatments.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».