Identification and Comparative Analysis of Conserved and Species-Specific microRNAs in Four Populus Sections
Notice bibliographique
Résumé
The conservation and diversity of microRNA (miRNA) families provide insights into the evolution of miRNA genes. However, there are few studies to explore the miRNA genes at the genus level in plants. Here, we identified 1194 miRNA loci in four Populus species P. deltoides, P. euphratica, P. tremula, and P. trichocarpa from Aigeiros, Turanga, Populus, and Tacamahaca sections, respectively, by combining de novo and homolog-based approaches. Our results indicated that a similar number of miRNA loci exist in each species (296–301 miRNA loci). Among the identified 143 miRNA families, 68 families are shared by the studied four species, and 31 families are species-specific, which might be related to local adaptation. Additionally, multiple miRNA-related single nucleotide polymorphisms (SNPs) were found, indicating that polymorphisms in pre-miRNA hairpins were likely to affect miRNA biogenesis. This study expanded the breadth and depth of miRNA annotations and provided valuable resources for further exploring the diversity and function of poplar miRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».