Bulk and Single-Nucleus Transcriptomics Highlight Intra-Telencephalic and Somatostatin Neurons in Alzheimer’s Disease
Notice bibliographique
Résumé
Cortical neuron loss is a pathological hallmark of late-onset Alzheimer’s disease (AD). However, it remains unclear which neuronal subtypes beyond broad excitatory and inhibitory classes are most vulnerable. Here, we analyzed cell subtype proportion differences in AD compared to non-AD controls using 1037 post-mortem brain samples from six neocortical regions. We identified the strongest associations of AD with fewer somatostatin (SST) inhibitory neurons (β = −0.48, p bonf = 8.98 × 10 –9 ) and intra-telencephalic (IT) excitatory neurons (β = -0.45, p bonf = 4.32 × 10 –7 ). Replication in three AD case-control single-nucleus RNAseq datasets most strongly supported the bulk tissue association of fewer SST neurons in AD. In depth analyses of cell type proportions with specific AD-related neuropathological and cognitive phenotypes revealed fewer SST neurons with greater brain-wide post-mortem tau and beta amyloid, as well as a faster rate of antemortem cognitive decline. In contrast, greater IT neuron proportions were associated with a slower rate of cognitive decline as well as greater residual cognition–a measure of cognitive resilience–but not canonical AD neuropathology. Our findings implicate somatostatin inhibitory and intra-telencephalic excitatory neuron subclasses in the pathogenesis of AD and in cognitive resilience to AD pathology, respectively.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».