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Enregistrement W4281662304 · doi:10.2337/db22-1396-p

1396-P: Critical Cellular Functions That Mediate the Early Stages of Adipogenesis Are Directly Influenced by 14-3-3zeta and Its Interactome

2022· article· en· W4281662304 sur OpenAlexaboutno aff
S. Rial, A. Alkhoury, Geneviève Lavoie, Philippe P. Roux, T. Durcan, AIDA MARTINEZ-SANCHEZ, Gareth E. Lim

Notice bibliographique

RevueDiabetes · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématique14-3-3 protein interactions
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAdipogenesisInteractomeChromatinBiologyTranscription factorCell biologyHistoneDNAGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aim: We previously discovered that 14-3-3-zeta (14-3-3ζ) was essential for adipocyte differentiation. Although 14-3-3ζ scaffold is not a transcription factor (TF) , it undergoes nuclear translocation during adipogenesis. Considering its diverse interactome, we hypothesized that 14-3-3ζ anchors, nucleates and regulates essential transcriptional complexes required for adipogenesis. Methods: 3T3-L1 pre-adipocytes were modified by CRISPR-Cas9 to express a TAP (Flag-HA) -tagged 14-3-3ζ protein. At 48 first hours of adipogenesis, nuclear TAP-14-3-3-ζ complexes were purified to identify and annotate the 14-3-3ζ interactome by MS and Gene Ontology. Highly enriched proteins functions were assessed for their roles in adipogenesis using pharmacological inhibitors or siRNA. In parallel, chromatin accessibility was assessed by ATAC-Seq from control or 14-3-3ζ-depleted 3T3-L1 cells during early adipogenesis. Results: We found that the 14-3-3ζ nuclear interactome during the early stages of adipogenesis was significantly enriched with 133 proteins, including CEBP-β, an early adipogenic TF. According to GO analysis, proteins within the 14-3-3ζ interactome were primarily associated (FDR ≤ 0.01) with histone H2B ubiquitination, DNA unwinding for replication, DNA hypermethylation and ribosome assembly. Pharmacological inhibition or depletion by siRNA of these proteins significantly dampened adipocyte differentiation. Principal component analysis of ATAC-seq results revealed that samples from 14-3-3ζ-depleted cells differed from controls in term of whole chromatin accessibility, and DESeq2 identified nearly 3400 (p<0.05) differentially accessible regions of open chromatin following 14-3-3ζ depletion. Conclusion: These results reveal that via critical protein interactions, 14-3-3ζ has essential roles in chromatin accessibility, DNA replication, and mRNA translation, which are crucial events for the early adipogenesis. Disclosure S.A.Rial: None. A.Alkhoury: None. G.Lavoie: None. P.Roux: None. T.M.Durcan: None. A.Martinez-sanchez: None. G.E.Lim: None. Funding Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC) ; Canada Research Chairs (CRC) ; Fonds de recherche du Québec-Nature and Technologies (FRQNT)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil0,536

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
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