Deciphering the structural and functional impact of Q657L mutation in <i>NLRC4</i> using computational methods
Notice bibliographique
Résumé
The NLR family caspase recruitment domain-containing protein 4 (NLRC4) inflammasome regulates the inflammatory response. Upregulation of NLRC4 inflammasome has been associated with bacterial infections, cancers, and autoinflammatory disorders (AIDs). The Q657L mutation in the NLRC4 causes AID. However, the structural change upon Q657L mutation at the atomic level has not been clearly understood. In this study, we employed in silico predictions along with molecular dynamics (MD) simulations of the homology modelled human wild-type and mutant NLRC4 structures in the resting and activated state to investigate the impact of Q657L mutation on the structural and dynamic changes of NLRC4 protein. The Q657L mutation was predicted to be deleterious by various in silico prediction tools. The MD simulation results demonstrated that the mutation increased the stability of the compactly folded structure and decreased flexibility in the resting state. In the activated state, the stably folded mutant structure had increased solvent accessible surface area, intermolecular hydrogen bonds and binding pocket volume. In addition, the principal component analysis showed that the mutant structures had reduced dynamics in both states. These findings provide insights into structural and dynamic changes of NLRC4 protein due to Q657L mutation at the atomic level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».