MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4281692732 · doi:10.1016/j.ajhg.2022.05.009

Identification and functional evaluation of GRIA1 missense and truncation variants in individuals with ID: An emerging neurodevelopmental syndrome

2022· article· en· W4281692732 sur OpenAlexaff
Vardha Ismail, Linda G. Zachariassen, Annie Godwin, Mane Sahakian, Sian Ellard, Karen Stals, Emma L. Baple, Kate Tatton Brown, Nicola Foulds, Gabrielle Wheway, Matthew O. Parker, Signe Meisner Lyngby, Miriam G. Pedersen, Julie Désir, Allan Bayat, Maria Musgaard, Matthew Guille, Anders S. Kristensen, Diana Baralle

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensWilfrid Laurier UniversityUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNovo Nordisk FondenMedical Research CouncilNovo NordiskH. Lundbeck A/SLundbeckfondenUniversity of PortsmouthCarlsbergfondetNational Institute for Health and Care ResearchWellcome TrustHørslev-Fonden
Mots-clésMissense mutationTruncation (statistics)Identification (biology)GeneticsMedicineBiologyPsychologyComputer scienceMutationMachine learningGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

models were established to characterize the in vivo consequences. Seven unrelated individuals with rare GRIA1 variants were identified. One individual carried a homozygous nonsense variant (p.Arg377Ter), and six had heterozygous missense variations (p.Arg345Gln, p.Ala636Thr, p.Ile627Thr, and p.Gly745Asp), of which the p.Ala636Thr variant was recurrent in three individuals. The cohort revealed subjects to have a recurrent neurodevelopmental disorder mostly affecting cognition and speech. Functional evaluation of major GluA1-containing AMPAR subtypes carrying the GRIA1 variant mutations showed that three of the four missense variants profoundly perturb receptor function. The homozygous stop-gain variant completely destroys the expression of GluA1-containing AMPARs. The Xenopus gria1 models show transient motor deficits, an intermittent seizure phenotype, and a significant impairment to working memory in mutants. These data support a developmental disorder caused by both heterozygous and homozygous variants in GRIA1 affecting AMPAR function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,932
Score d'incertitude au seuil0,296

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueThe American Journal of Human GeneticsMême sujetGenetics and Neurodevelopmental DisordersTravaux en français237 207