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Enregistrement W4281713853 · doi:10.1038/s41467-022-30875-7

Comprehensive genetic analysis of the human lipidome identifies loci associated with lipid homeostasis with links to coronary artery disease

2022· review· en· W4281713853 sur OpenAlexaff
Gemma Cadby, Corey Giles, Phillip E. Melton, Kevin Huynh, Natalie A. Mellett, Thy Duong, Thu Anh Nguyen, Michelle Cinel, Alexander Smith, Gavriel Olshansky, Tingting Wang, Marta Brożyńska, Nina S. McCarthy, Amir Ariff, Joseph Hung, Jennie Hui, John Beilby, Marie‐Pierre Dubé, Gerald F. Watts, Sonia Shah, Naomi R. Wray, Wei Ling Florence Lim, Pratishtha Chatterjee, Ian Martins, Simon M. Laws, Tenielle Porter, Michaël Vacher, Ashley I. Bush, Christopher C. Rowe, Victor L. Villemagne, David Ames, Colin L. Masters, Kevin Taddei, Matthias Arnold, Gabi Kastenmüller, Kwangsik Nho, Andrew J. Saykin, Xianlin Han, Rima Kaddurah‐Daouk, Ralph N. Martins, John Blangero, Peter J. Meikle, Eric K. Moses

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLipid metabolism and disorders
Établissements canadiensUniversité de MontréalMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesU.S. National Library of MedicineNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institutes of HealthDementia AustraliaEisaiGovernment of Western AustraliaBristol-Myers SquibbDementia Collaborative Research Centres, AustraliaEdith Cowan UniversityNational Cancer InstituteHealthwayNational Health and Medical Research CouncilCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationState Government of VictoriaAustralian GovernmentDementia Australia Research FoundationBioClinicaMedical Research CouncilBiogenNational Institute on AgingScience and Industry Endowment FundAlzheimer's Association
Mots-clésLipidomeBiologyGenome-wide association studyLipidomicsLipid metabolismCoronary artery diseaseEndophenotypeGeneticsGenomicsLocus (genetics)BioinformaticsComputational biologyMedicineGenomeSingle-nucleotide polymorphismGeneInternal medicineGenotypeEndocrinologyNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract We integrated lipidomics and genomics to unravel the genetic architecture of lipid metabolism and identify genetic variants associated with lipid species putatively in the mechanistic pathway for coronary artery disease (CAD). We quantified 596 lipid species in serum from 4,492 individuals from the Busselton Health Study. The discovery GWAS identified 3,361 independent lipid-loci associations, involving 667 genomic regions (479 previously unreported), with validation in two independent cohorts. A meta-analysis revealed an additional 70 independent genomic regions associated with lipid species. We identified 134 lipid endophenotypes for CAD associated with 186 genomic loci. Associations between independent lipid-loci with coronary atherosclerosis were assessed in ∼456,000 individuals from the UK Biobank. Of the 53 lipid-loci that showed evidence of association ( P < 1 × 10 −3 ), 43 loci were associated with at least one lipid endophenotype. These findings illustrate the value of integrative biology to investigate the aetiology of atherosclerosis and CAD, with implications for other complex diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,788
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0010,005
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0000,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,338
Écart entre enseignants0,292 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations103
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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