Combined oropharyngeal/nares and nasopharyngeal swab sampling remain effective for molecular detection of SARS-CoV-2 Omicron variant
Notice bibliographique
Résumé
The world has experienced several waves of SARS-CoV-2 variants of concern (VoCs) throughout the COVID-19 pandemic since the first cases in December 2019. The Omicron VoC has increased transmission, compared to its predecessors, and can present with sore throat and other cold-like symptoms. Given the predominance of throat symptoms, and previous work demonstrating better sensitivity using antigen-based rapid detection tests when a throat swab is included in the standard nasal sampling, this quality improvement project sought to ensure ongoing suitability of both combined oropharyngeal/nares (OPN) and nasopharyngeal (NP) swab sampling used throughout the pandemic. Consenting participants meeting Public Health testing criteria (mostly symptomatic or a close contact of a known case) were enrolled, and paired NP and OPN swabs were subjected to nucleic acid amplification testing (NAAT). Comparing paired specimens from 392 participants sensitivity of NP swabs was 89.1 % (95 % CI, 78.8–94.9), and that of OPN was 98.4 % (95 % CI: 90.9->99.9) ( P -value 0.052). This project demonstrated that both NP and combined OPN swabs detected the Omicron variant with similar sensitivity by NAAT, supporting the continued use of either swab collection for SARS-CoV-2 molecular detection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».