Transcription Factor SrsR (YgfI) Is a Novel Regulator for the Stress-Response Genes in Stationary Phase in Escherichia coli K-12
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the functional information of all genes and the biological mechanism based on the comprehensive genome regulation mechanism is an important task in life science. YgfI is an uncharacterized LysR family transcription factor in Escherichia coli. To identify the function of YgfI, the genomic SELEX (gSELEX) screening was performed for YgfI regulation targets on the E. coli genome. In addition, regulatory and phenotypic analyses were performed. A total of 10 loci on the E. coli genome were identified as the regulatory targets of YgfI with the YgfI binding activity. These predicted YgfI target genes were involved in biofilm formation, hydrogen peroxide resistance, and antibiotic resistance, many of which were expressed in the stationary phase. The TCAGATTTTGC sequence was identified as an YgfI box in in vitro gel shift assay and DNase-I footprinting assays. RT-qPCR analysis in vivo revealed that the expression of YgfI increased in the stationary phase. Physiological analyses suggested the participation of YgfI in biofilm formation and an increase in the tolerability against hydrogen peroxide. In summary, we propose to rename ygfI as srsR (a stress-response regulator in stationary phase).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».