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Enregistrement W4281817583 · doi:10.1186/s12859-022-04751-6

CoQUAD: a COVID-19 question answering dataset system, facilitating research, benchmarking, and practice

2022· article· en· W4281817583 sur OpenAlexafffund
Shaina Raza, Brian Schwartz, Laura C. Rosella

Notice bibliographique

RevueBMC Bioinformatics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueTopic Modeling
Établissements canadiensUniversity of TorontoPublic Health Ontario
Organismes subventionnairesInstitute of Health Services and Policy ResearchCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBenchmarkingCoronavirus disease 2019 (COVID-19)2019-20 coronavirus outbreakData scienceSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Computer scienceComputational biologyInformation retrievalBiologyVirologyMedicineBusiness

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Due to the growing amount of COVID-19 research literature, medical experts, clinical scientists, and researchers frequently struggle to stay up to date on the most recent findings. There is a pressing need to assist researchers and practitioners in mining and responding to COVID-19-related questions on time. METHODS: This paper introduces CoQUAD, a question-answering system that can extract answers related to COVID-19 questions in an efficient manner. There are two datasets provided in this work: a reference-standard dataset built using the CORD-19 and LitCOVID initiatives, and a gold-standard dataset prepared by the experts from a public health domain. The CoQUAD has a Retriever component trained on the BM25 algorithm that searches the reference-standard dataset for relevant documents based on a question related to COVID-19. CoQUAD also has a Reader component that consists of a Transformer-based model, namely MPNet, which is used to read the paragraphs and find the answers related to a question from the retrieved documents. In comparison to previous works, the proposed CoQUAD system can answer questions related to early, mid, and post-COVID-19 topics. RESULTS: Extensive experiments on CoQUAD Retriever and Reader modules show that CoQUAD can provide effective and relevant answers to any COVID-19-related questions posed in natural language, with a higher level of accuracy. When compared to state-of-the-art baselines, CoQUAD outperforms the previous models, achieving an exact match ratio score of 77.50% and an F1 score of 77.10%. CONCLUSION: CoQUAD is a question-answering system that mines COVID-19 literature using natural language processing techniques to help the research community find the most recent findings and answer any related questions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,026
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,026
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0080,005
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0030,006
Science ouverte0,0050,006
Intégrité de la recherche0,0040,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,012

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,128
Tête enseignante GPT0,388
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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