Transcriptomic Points of Departure Calculated from Rainbow Trout Gill, Liver, and Gut Cell Lines Exposed to Methylmercury and Fluoxetine
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ethical and resource limitation concerns are pushing chemicals management to develop alternatives to animal testing strategies. The objective of our study was to determine whether transcriptomic point of departure (tPOD) values could be derived from studies that followed Organisation for Economic Co-operation and Development (OECD) Test No. 249 (rainbow trout gill cell line), as well as from studies on trout liver and gut cells. Gill, liver, and gut cell lines were exposed to methylmercury and fluoxetine. Concentrations causing 50% cytotoxicity (LC50) were derived, the whole transcriptome was sequenced, and gene tPOD and pathway benchmark dose (BMD) values were derived from transcriptomic dose–response analysis. Differences in LC50 and transcriptomic responses across the cell lines were noted. For methylmercury, the tPODmode values were 14.5, 20.5, and 17.8 ppb for the gill, liver, and gut cells, respectively. The most sensitive pathway (pathway BMDs in parentheses) was ferroptosis in the gill (3.1 ppb) and liver (3.5 ppb), and glutathione metabolism in the gut (6.6 ppb). For fluoxetine, the tPODmode values were 109.4, 108.4, and 97.4 ppb for the gill, liver, and gut cells, respectively. The most sensitive pathway was neurotrophin signaling in the gill (147 ppb) and dopaminergic signaling in the gut (86.3 ppb). For both chemicals, the gene tPOD and pathway BMD values were lower than cytotoxic concentrations in vitro, and within 10-fold below the in vivo LC50s. By bringing together transcriptomics and dose–response analysis with an OECD test method in three cell lines, the results help to establish an in vitro method yielding tPOD values that are hypothesized to be protective of in vivo concentrations associated with adverse outcomes, and also give insights into mechanisms of action. Environ Toxicol Chem 2022;41:1982–1992. © 2022 SETAC
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».