A novel immune cell signature predicts pathological complete response to neoadjuvant chemotherapy in triple negative breast cancer patients in the Q-CROC3 trial.
Notice bibliographique
Résumé
e12614 Background: Tumor infiltrating lymphocytes (TILs) have been associated with good prognosis and response to neoadjuvant chemotherapy. Several reports have shown that the heterogeneity of tumor infiltrating immune cells affects the response to chemotherapy, with for example low levels of FOXP3 expressing T cells associated with good prognosis and pathological complete response (pCR) to chemotherapy. Methods: We examined different immune cell markers on 52 pre-chemotherapy biopsy specimens obtained from triple negative breast cancer patients undergoing neo-adjuvant chemotherapy from the Q-CROC-03 trial. Slides were stained for CD8, CD3,PD-1, PDL-1, FOXP-3 and Granzyme B using multi-colour immunohistochemistry and automated cell counting of stroma and epithelial counts was conducted using the Vectra/inForm image analysis platform. We had total of 39 variables for analysis and we performed Penalized logistic regression for variable selection. Results: Nine variables were found statistically significant to predict response to chemotherapy, PD1+ stroma counts being the one with the highest probability of association with response. A tree algorithm was then used on all 9 variables to identify the best variable and threshold combination to identify patients who respond to chemotherapy. We separated our cohort in test (25% of samples n = 13) and training (75% of samples n = 39) sets for this analysis. Restricting the tree depth to 2 variables for clinical interpretability identified the combination of average counts of stromal PD1+ and average density of stromal FOXP3+ as predictors of chemo response (accuracy 0.82). Both stromal average PD1+ counts and average stromal FOXP3+ density positively correlated with the levels of TILS. Conclusions: Combining FOXP3 and PD1 protein expression in the stroma of pre-treatment biopsies of triple negative breast cancers receiving neoadjuvant chemotherapy is highly predictive of pCR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».