Comparative transcriptomics reveals the molecular toolkit used by an algivorous protist for cell wall perforation
Notice bibliographique
Résumé
Microbial eukaryotes display a stunning diversity of feeding strategies, ranging from generalist predators to highly specialized parasites. The unicellular "protoplast feeders" represent a fascinating mechanistic intermediate, as they penetrate other eukaryotic cells (algae and fungi) like some parasites but then devour their cell contents by phagocytosis. 1 Besides prey recognition and attachment, this complex behavior involves the local, pre-phagocytotic dissolution of the prey cell wall, which results in well-defined perforations of species-specific size and structure. 2 Yet the molecular processes that enable protoplast feeders to overcome cell walls of diverse biochemical composition remain unknown. We used the flagellate Orciraptor agilis (Viridiraptoridae, Rhizaria) as a model protoplast feeder and applied differential gene expression analysis to examine its penetration of green algal cell walls. Besides distinct expression changes that reflect major cellular processes (e.g., locomotion and cell division), we found lytic carbohydrate-active enzymes that are highly expressed and upregulated during the attack on the alga. A putative endocellulase (family GH5_5) with a secretion signal is most prominent, and a potential key factor for cell wall dissolution. Other candidate enzymes (e.g., lytic polysaccharide monooxygenases) belong to families that are largely uncharacterized, emphasizing the potential of non-fungal microeukaryotes for enzyme exploration. Unexpectedly, we discovered various chitin-related factors that point to an unknown chitin metabolism in Orciraptor agilis , potentially also involved in the feeding process. Our findings provide first molecular insights into an important microbial feeding behavior and new directions for cell biology research on non-model eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».