Abstract 912: A novel genetically engineered H3.3G34R model reveals cooperation with ATRX loss in upregulation of PRC2 target genes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pediatric High Grade Glioma (pHGG) is a collection of molecularly distinct subtypes with different prognoses depending on the genetic drivers. One particularly aggressive subtype is H3.3G34R mutant gliomas, which are currently incurable and in need of improved therapies. Interestingly, H3.3G34R mutant gliomas commonly harbor TP53mutations, ATRX mutations, and alterations in PDGFRA signaling. The mechanism by which H3.3G34R promotes gliomagenesis is still somewhat unclear and additional models are needed to dissect its role in tumorigenesis. We used the RCAS Tv-a system to model H3.3G34R pHGG in mice. Nestin expressing progenitors in the frontal cortex of Nestin-Tva (Ntva); p53 fl/fl; ATRX fl/fl or Ntva; p53 fl/fl mice were infected with H3.3G34R or H3.3WT, PDGFA, and Cre, and monitored for signs and symptoms of tumor formation. RNAseq analysis and immunophenotype were used to characterize the tumors. We observed that H3.3G34R did not significantly impact tumor latency independent of ATRX status. ATRX loss significantly increased tumor latency independent of H3.3G34R (P < 0.01) from 90 days to 143 days. H&E analysis revealed that the majority of tumors in all groups were high grade and that mice with ATRX loss were more likely to develop low grade tumors though this trend did not reach significance (P = 0.075). Expression of Ki67, GFAP and Olig2 was present in all groups, as shown by Immunophenotypic analysis. RNAseq analysis of murine tumor tissue revealed that ATRX loss in the context of G34R led to significant differential expression of 113 genes (78 upregulated and 35 downregulated) including upregulation of PRC2 target genes including HoxA genes. These findings highlight the cooperation between ATRX loss and H3.3G34R in gliomagenesis. Citation Format: Aalaa Abdallah, Herminio J. Cardona, David J. Picketts, Daniel J. Brat, Xiao-Nan Li, Oren J. Becher. A novel genetically engineered H3.3G34R model reveals cooperation with ATRX loss in upregulation of PRC2 target genes [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2022; 2022 Apr 8-13. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2022;82(12_Suppl):Abstract nr 912.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».