Competition and coevolution drive the evolution and the diversification of CRISPR immunity
Notice bibliographique
Résumé
Data for the paper : "Competition and coevolution drive the evolution and the diversification of CRISPR immunity" Does NOT contain sequencing data (they are available on NCBI, BioProject PRJNA843584) Bacteria_density.csv Density of bacteria (cfu/ml) in all replicates at all times. B: Treatment A ; Pw: Treatment B ; PR: Treatment C Phages_density.csv Density of phages (pfu/ml) in all replicates at all times. B: Treatment A ; Pw: Treatment B ; PR: Treatment C NC_007019.1.fasta Genome of bacteriophage 2972 downloaded from https://www-ncbi-nlm-nih-gov.inee.bib.cnrs.fr/nuccore/66391759 NC_007019.1_T0.fasta Genome of bacteriophage 2972, updated to include the mutations observed in the mix of phages at T0 in treatment B. Mutations.xlsx This file shows the mutations in the genome of the 16 starting resistant bacteria compared to the sensitive ancestor DGCC 7710. All mutations were confirmed via Sanger sequencing of PCR products amplified from the chromosome of the BIMs. The sheet ‘BIM mutation details’ shows for each resistant bacteria details on the mutations detected, as well as the annotation of the protein produced by the mutated gene or the name of the gene when possible. As some mutations are observed in several bacteria, the sheet ‘Simplified combined mutations’ synthetically shows the presence/absence of mutations to the locus tag/gene level precision in each bacterial genotype. The effect of the mutation is shown with a color code, described below the table. Processed data: The following files are here as starting point to analyze data without having to process of raw data. Bacteria_data.csv Sequencing of bacteria populations: This file contains the frequency of each host genotype through time in all replicates. For the Genotypes, ‘start-end’ corresponds to the susceptible DGCC 7710. Any ‘PAM\_XXX’ between ‘start’ and ‘end’ indicates the presence of spacer XXX in this genotype. This pattern can be present several times for multi-resistant genotypes. Spacers are named according to the middle position of the corresponding protospacer in the phage. Phage_data.csv Sequencing of phage populations: This file contains the frequency of each phage mutation through time in all replicates. It contains the type, the position on the genome, the reference allele, the mutated allele and the frequency of each mutations. The column with time 0 do not show replicate number next to the treatment as the sequencing was done for the phage mix used at the beginning of all replicates for each treatment. Matching_data.csv Dynamics of phage mutations that escape CRISPR immunity: This file contains the host spacer frequency and the corresponding phage mutation frequency through time in all replicates. Spacers are named according to the middle position of the corresponding protospacer in the phage. Many lines contain frequencies of 0 as they were not filtered for computation purposes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,192 | 0,079 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».