Abstract 5400: Detection of satellite tumor cells in peritumoral edema in myxofibrosarcoma and undifferentiated pleomorphic sarcoma using targeted gene sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Myxofibrosarcoma (MFS) and undifferentiated pleomorphic sarcomas (UPS) are soft tissue sarcomas with high local recurrence rates following resection. Common with these cancers is peritumoral edema, termed tumor tails, which our group has found could contain satellite tumor cells. A precise and accurate method of determining the presence of satellite tumor cells in this region is required to improve surgical planning, as the standard morphology-based technique is prone to misclassification. An emerging technology is targeted gene sequencing (t-NGS), a combination of whole genome or exome sequencing (WGS/WXS) comparing primary tumor and patient-matched blood, and digital droplet PCR (ddPCR). The objective of this study was to determine the viability of t-NGS in the detection of satellite tumor cells in the areas of edema surrounding MFS and UPS. A cohort of patients diagnosed with extremity MFS and UPS at Mount Sinai Hospital (Toronto, Canada) who underwent resection were retrospectively studied. Cases with available WGS/WXS data were used (n=8) to identify case-specific tumor-specific variants (TSV) to detect with the QX200 ddPCR platform. (n=4-5/case). Cases with a major TSV-positive droplet population in the tumor tails tissue indicated the presence of satellite tumor cells. Our quality analysis showed DNA above the ddPCR threshold of detection was extracted from the tumor tails of 6 of 8 cases. The ddPCR assay showed that a TSV-positive droplet population was detected within the tumor tails in 5 of 6 cases, while 1 of 6 cases showed no such population in the tumor tails. Overall, our results indicates that t-NGS has potential for TSV detection within tumor tails. A prospective study is underway to further test its validity and compare it with standard histology. The project aims to improve surgical planning by ensuring removal of satellite tumor cells while lowering the risk of wound complications. Targeted gene-sequencing results of all cases within this study Case # Histology Pre-op Radiation DNA Extraction Successful TSV Probes (n) TSV+ Tumor TSV+ Tails TSV+ Normal 1 MFS N Y 5 4 4 0 2 MFS N Y 3 2 2 0 3 MFS Y Y* (normal insufficient) 3 3 0 N/A 4 UPS Y Y 3 2 0 1 5 MFS N Y 4 4 1 0 6 UPS N Y 3 3 3 1 7 MFS Y N N/A N/A N/A N/A 8 MFS Y N N/A N/A N/A N/A Citation Format: Miguel Alfonso V. Principe, Nalan Gokgoz, Patrick Prochazka, Peter C. Ferguson, Simin Dewji, Jay S. Wunder, Irene A. Andrulis, Brendan C. Dickson, Kim M. Tsoi. Detection of satellite tumor cells in peritumoral edema in myxofibrosarcoma and undifferentiated pleomorphic sarcoma using targeted gene sequencing [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2022; 2022 Apr 8-13. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2022;82(12_Suppl):Abstract nr 5400.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».