Abstract 5730: FOXR2 is an oncogenic driver across adult and pediatric cancers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Understanding how aberrant transcription factors (TFs) hijack normal development to induce oncogenesis is a critical question in oncology. Forkhead box (FOX) proteins are a superfamily of transcriptional regulators characterized by a forkhead DNA-binding domain. Within this family, Forkhead Box R2 (FOXR2) expression has been associated with a subset of cancers including CNS and peripheral neuroblastoma. While FOXR2 has been shown to stabilize MYC isoforms, the mechanistic details through which it enhances tumor formation and the true extent of its role as an oncogene across all cancers have not been systematically evaluated. Methods: We applied an integrative approach using transcriptomics, epigenetics, in vitro cancer models, and in vivo mouse models to systematically evaluate the mechanisms by which FOXR2 is activated across human cancers. Results: We performed a pan-cancer analysis of FOXR2 activation across over 10,000 adult and pediatric cancer samples, and found FOXR2 to be aberrantly upregulated in 70% of all cancer types, and 8% of all individual tumors. We identified genetic and epigenetic mechanisms that induce its expression, including hypomethylation of a novel promoter in the vast majority (78%) of FOXR2-expressing cases. We demonstrate that FOXR2 expression is both sufficient and necessary for transformation across multiple lineages, using both in vitro and in vivo models. Conclusion: Taken together, this study demonstrates the role of FOXR2 as a potent oncogene across human cancers, and highlights a novel mechanism by which its expression is activated. Citation Format: Jessica W. Tsai, Paloma Cejas, Dayle K. Wang, Smruti Patel, David W. Wu, Phonepasong Arounleut, Xin Wei, Ningxuan Zhou, Sudeepa Syamala, Frank P. Dubois, Kristine Pelton, Jayne Vogelzang, Cecilia Sousa, Audrey Baguette, Xiaolong Chen, Alexandra L. Condurat, Sarah E. Dixon-Clarke, Kevin N. Zhou, Sophie D. Lu, Elizabeth M. Gonzalez, Madison S. Chacon, Jeromy J. Digiacomo, Rushil Kumbhani, Dana Novikov, J'Ya Hunter, Maria Tsoli, David S. Ziegler, Uta Dirksen, Natalie Jager, Gnana Prakash Balasubramanian, Christof M. Kramm, Michaela Nathrath, Stefan Bielack, Suzanne J. Baker, Jinghui Zhang, James M. McFarland, Gad Getz, Francois Aguet, Nada Jabado, Olaf Witt, Stefan M. Pfister, Keith L. Ligon, Claudia Kleinman, Henry Long, David T. Jones, Pratiti Bandopadhayay, Timothy N. Phoenix. FOXR2 is an oncogenic driver across adult and pediatric cancers [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2022; 2022 Apr 8-13. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2022;82(12_Suppl):Abstract nr 5730.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».