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Enregistrement W4283157743 · doi:10.1101/2022.06.13.495375

Receptor for Hyaluronan-Mediated Motility (RHAMM) defines an invasive niche associated with tumor progression and predicts poor outcomes in breast cancer patients

2022· preprint· en· W4283157743 sur OpenAlexafffund
Sarah E Tarullo, Yuyu He, Claire Daughters, Todd P. Knutson, Christine Henzler, Matt A. Price, Ryan Shanley, Patrice M. Witschen, Cornelia Tölg, Rachael E. Kaspar, Caroline Hallstrom, Lyubov Gittsovich, Megan L. Sulciner, Xihong Zhang, Colleen Forester, Oleg Shats, Michelle Desler, Kenneth H. Cowan, Douglas Yee, Kathryn L. Schwertfeger, Eva A. Turley, James B. McCarthy, Andrew C. Nelson

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProteoglycans and glycosaminoglycans research
Établissements canadiensLondon Health Sciences CentreWestern University
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesMasonic Cancer Center, University of MinnesotaNational Institutes of HealthBreast Cancer Society of CanadaUniversity of MinnesotaAmerican Cancer Society
Mots-clésTumor microenvironmentTumor progressionMotilityBiologyCancer researchBreast cancerMetastasisCancerTranscriptomeImmunologyGene expressionCell biologyGeneGeneticsTumor cells

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Breast cancer invasion and metastasis result from a complex interplay between tumor cells and the tumor microenvironment (TME). Key oncogenic changes in the TME include aberrant metabolism and subsequent signaling of hyaluronan (HA). Hyaluronan Mediated Motility Receptor (RHAMM, HMMR ) is a HA receptor that enables tumor cells to sense and respond to the TME during breast cancer progression. Focused gene expression analysis of an internal breast cancer patient cohort demonstrates increased RHAMM expression correlates with aggressive clinicopathological features. We also develop a 27-gene RHAMM-dependent signature (RDS) by intersecting differentially expressed genes in lymph node positive cases with the transcriptome of a RHAMM-dependent model of cell transformation, which we validate in an independent cohort. We demonstrate RDS predicts for poor survival and associates with invasive pathways. Further analyses using CRISPR/Cas9 generated RHAMM -/- breast cancer cells provide direct evidence that RHAMM promotes invasion in vitro and in vivo . Additional immunohistochemistry studies highlight heterogeneous RHAMM expression, and spatial transcriptomics confirms the RDS emanates from RHAMM-high invasive niches. We conclude RHAMM upregulation leads to the formation of ‘invasive niches’, which are enriched in RDS-related pathways that drive invasion and could be targeted to limit invasive progression and improve patient outcomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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