A New Genotyping-in-Thousands-by-Sequencing Single Nucleotide Polymorphism Panel for Mixed-Stock Analysis of Chum Salmon from Coastal Western Alaska
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genetic stock identification is becoming increasingly important in the management of Chum Salmon Oncorhynchus keta from western Alaska due to frequent run failures in recent times. It has been notoriously difficult to distinguish populations of summer-run Chum Salmon among four major regions in coastal western Alaska: Norton Sound, lower Yukon River, Kuskokwim River, and Nushagak River. Here we developed and evaluated a panel of single nucleotide polymorphism (SNP) markers designed to coamplify using the genotyping-in-thousands by sequencing (GT-seq) method, which would greatly enhance the efficiency of genotyping samples from baseline populations and from mixed-stock fisheries or incidental catches. We selected 479 SNPs in 355 amplicons from ~30,000 candidate SNPs for the GT-seq panel. Evaluations using single-stock and realistic fishery mixture simulations indicated that the panel was able to satisfactorily distinguish Norton Sound from the other regions to the south but was unable to distinguish among lower Yukon, Kuskokwim, and Nushagak rivers with accuracy >90%. The low degree of population structure among Chum Salmon in this region, described in previous studies and confirmed with tens of thousands of SNPs here, means that genetic stock identification will be inadequate to guide management decisions at the spatial scale desired by stakeholders and fishery managers in the region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».