SARS-CoV-2 in mink farms in British Columbia, Canada: A report of two outbreaks in 2020–2021
Notice bibliographique
Résumé
Background: Since April 2020, mink have been recognized as a potential reservoir for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and a potential source of new variants. The objective of this report is to describe the epidemiological investigation and public health response to two coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreaks that involved both humans and farmed mink. Methods: An outbreak was declared on December 4, 2020, following detection of two COVID-19-positive farmworkers and elevated mink mortality on a mink farm (Farm 1) in British Columbia. The second cluster was detected on Farm 3 following detection of 1) a COVID-19 case among farm staff on April 2, 2021, 2) an indeterminate result from farm staff on May 11, 2021, and 3) subsequent SARS-CoV-2-positive mink in May 2021. Quarantine of infected farms, isolation of workers and their close contacts, and introduction of enhanced infection control practises were implemented to break chains of transmission. Results: Among mink farmworkers, 11 cases were identified at Farm 1 and 6 cases were identified at Farm 3. On both Farm 1 and Farm 3, characteristic COVID-19 symptoms were present in farm employees before signs were observed in the minks. The viral sequences from mink and human samples demonstrated close genetic relation. Phylogenetic analyses identified mink intermediates linking human cases, suggesting anthropo-zoonotic transmission. Conclusion: These were the first COVID-19 outbreaks that included infected mink herds in Canada and identified potential anthropogenic and zoonotic transmission of SARS-CoV-2. We provide insight into the positive impact of regulatory control measures and surveillance to reduce the spillover of SARS-CoV-2 mink variants into the general population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».