SARS-CoV-2 in mink farms in British Columbia, Canada: A report of two outbreaks in 2020–2021
Notice bibliographique
Résumé
Contexte : Depuis avril 2020, le vison est reconnu comme un réservoir potentiel du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) et une source potentielle de nouveaux variants.L'objectif de ce rapport est de décrire l'enquête épidémiologique et la réponse de santé publique à deux éclosions de coronavirus 2019 (COVID-19) qui ont impliqué à la fois des humains et des visons d'élevage.Méthodes : Une éclosion a été déclarée le 4 décembre 2020, à la suite de tests de dépistage positifs pour la COVID-19 de deux travailleurs agricoles et d'une mortalité élevée des visons dans un élevage de visons (ferme 1) en Colombie-Britannique. La deuxième grappe a été détectée dans la ferme 3 après la détection 1) d'un cas de COVID-19 parmi le personnel de la ferme le 2 avril 2021, 2) d'un résultat indéterminé chez le personnel de la ferme le 11 mai 2021 et 3) de visons ayant contracté le SRAS-CoV-2 en mai 2021.La mise en quarantaine des fermes infectées, l'isolement des travailleurs et de leurs contacts proches et l'introduction de pratiques de contrôle de l'infection renforcées ont été mis en œuvre pour briser les chaînes de transmission.Résultats : Parmi les travailleurs de l'élevage de visons, 11 cas ont été identifiés dans la ferme 1 et 6 cas dans la ferme 3. Dans les fermes 1 et 3, les symptômes caractéristiques du COVID-19 étaient présents chez les employés de la ferme avant que des signes ne soient observés chez les visons.Les séquences virales provenant d'échantillons de visons et d'humains ont démontré une relation génétique étroite.Les analyses phylogénétiques ont établi des intermédiaires de vison reliant les cas humains, suggérant une transmission anthropo-zoonotique.Conclusion : Il s'agissait des premières éclosions de COVID-19 qui incluaient des troupeaux de visons infectés au Canada et qui ont permis d'établir une transmission anthropique et zoonotique potentielle du SRAS-CoV-2.Nous donnons un aperçu de l'impact positif des mesures de contrôle réglementaire et de la surveillance pour réduire la propagation des variants du SRAS-CoV-2 chez les visons dans la population générale.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».