Abstract LB129: Analysis of KRAS wildtype pancreatic ductal adenocarcinoma reveals mutation and expression-based similarities to cholangiocarcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction Oncogenic KRAS mutations are absent in 10% of patients with pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and may represent a subgroup of PDAC with therapy options beyond standard-of-care chemotherapy. While distinct gene fusions have been implicated in KRAS wildtype (wt) PDAC, other traits unique to KRAS wt PDAC remain unexplored. Methods Patients with treatment-naive metastatic PDAC (n=63) received matched tumor/normal whole-genome and RNA sequencing and clinical follow-up as part of the PanGen trial (NCT02869802). Clinical data and mutation, gene fusion and copy alteration frequency was compared between KRAS wt (n=9) and mutant (n=54) groups. Metastatic colorectal adenocarcinoma and cholangiocarcinoma samples from the POG trial (NCT02155621) were incorporated for sequencing-based comparison. Results KRAS wt tumors showed lower frequency of TP53 SNV/indels (p=0.01) and distinct amplifications affecting chr1q genes NR5A2 (p=9.0e-4), MPC2 (p=0.002) and MCL1 (p=0.02) and chr8q gene SQLE (p=0.02). Oncogenic fusions involving NRG1, FGFR2, NTRK2 or BRAF were unique to KRAS wt tumors (67% of samples; p=1e-6). KRAS wt tumors showed expression patterns indicative of cholangiocytes and, when clustered alongside other tumor types, formed a distinct cluster with cholangiocarcinoma samples. Conclusion These data provide the first identification of distinct chr1q/chr8q amplification events unique to KRAS wt PDAC while highlighting novel and striking molecular similarities to cholangiocarcinoma. Taken together, results of the PanGen trial generate new hypotheses relevant to therapeutic targeting of KRAS wt PDAC and rationale towards incorporating KRAS mutation status as part of routine clinical testing in PDAC. Citation Format: James Topham, Erica Tsang, Joanna Karasinska, Andrew Metcalfe, Hassan Ali, Steve Kalloger, Veronika Csizmok, Laura Williamson, Emma Titmuss, Hui-Li Wong, Richard Moore, Andrew Mungall, Jonathan Loree, Oliver Bathe, Patricia Tang, Rachel Goodwin, Janessa Laskin, Marco Marra, Steven Jones, David Schaeffer, Daniel Renouf. Analysis of KRAS wildtype pancreatic ductal adenocarcinoma reveals mutation and expression-based similarities to cholangiocarcinoma [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2022; 2022 Apr 8-13. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2022;82(12_Suppl):Abstract nr LB129.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».